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用ACD/LogD计算分配系数

从化学结构计算辛醇-水的分配系数(logD)
计算辛醇-水的分配系数(对数D)从化学结构

从化学结构预测辛醇-水的分布系数

绘制化学结构或复制/粘贴从您最喜欢的绘图包为最准确的分布系数值,跨所有复合物种,在各种小灵通。

查看日志D结果作为一个离散pH值的列表,或导航绘图为日志D在一个有趣的pH值。

日志是如何D值计算?

分配系数是两相(辛醇和缓冲水)中所有形式的化合物(中性和电离)的浓度之和的比值。每一种形式都有自己的倾向在水缓冲液和正辛醇之间分配。它的特征是pH无关的分配系数-对数P物种(例如,日志P0、日志P-、日志P2 +等)。

日志D预测算法根据日志的分段算法计算分区常数P对于中性形式和一系列修正因素,考虑到分子中电离的类型和位置等方面。日志D,分配系数被计算为所有分子物种分布的函数,受pH的影响,正如pK所预测的那样一个

Percepta提供了多种日志预测算法P和pK一个可以选择值和这些值的任何组合(并设置为默认值)来预测分布系数(logD)。

日志D计算器的功能

  • 预测日志D从结构,微笑字符串,或化学名称
  • 查看日志D生理相关ph值(胃1.7,十二指肠4.6,空肠和回肠6.5,血液7.4,结肠8.0)
  • 单击并拖动绘图(日志Dvs pH)DpH值
  • 从各种日志中进行选择P和pK一个算法的日志D计算(软件默认:日志PConsenses和pK一个经典)
  • 利用实验数据进行训练,扩展模型的适用性,提高模型的准确性
  • 从化学结构、微笑字符串或名称计算logD
    计算日志D从化学结构,微笑串,或名字
  • 在生理相关的pH值查看logD值,或方便地定义pH值感兴趣
    查看日志D生理相关pH值,或方便地定义感兴趣的pH值
  • 在logD vs pH图上查看0到14之间的任何pH值下的logD
    查看日志D在0到14之间的任意pH值下D对pH值

机器学习日志D计算器

因为日志D计算依赖于日志P和pK一个预测算法,日志D可训练性可以通过对单个日志的训练来实现P和pK一个模型。这有助于提高预测精度,扩大模型对新型化学空间的适用性。

部署选项

桌面/瘦客户机

具有图形用户界面的个人计算机的软件安装。完整的物理化学,ADME和毒性计算器模块是可用的(与训练能力),包括physschem Profiler bundle。

批处理

以最小的用户干预筛选数万种化合物——兼容Microsoft Windows和Linux操作系统(OS)。公司内部网或工作流工具(如Pipeline Pilot)的插件。

Percepta门户/瘦客户机

基于网络的分子特性预测应用(物理机制、ADME和毒性)和数据分析。KNIME集成组件可用。

主机在您的企业内部网或云。适用于Linux和Windows操作系统。

资源

看看ACD/日志D预测日志的模块D用于1659种药物化合物。还包括用实验数据训练算法前后的结果。
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本应用笔记讨论了使用预测模型的机器学习(模型训练)能力以提高准确性的重要性。
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日志P与日志D吗?为什么学习日志D是研发中最相关的亲脂性描述符,并看看如何将其应用于药物发现,以理解生理/体内行为。
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分配系数是多少?

分布常数(D),也称为表观分配系数,是衡量一个可电离分子的亲水性(亲水性)或疏水性(亲水性)的一种方法。它代表了一种化合物在两个不混溶相(典型的是辛醇和水缓冲液)中差异溶解的趋势,同时考虑了基于ph值的电离物种的分布。它也被称为分配系数。例如,看甲胺在辛醇-水中的分配情况以及分配常数是如何描述分配的:


日志D预测模型以对数比率(log)估计分布常数D或堵塞D)。分布系数是可电离化合物的亲油性(或疏水性)的定量描述符。

日志是如何D值使用?

药物Discovery-LogD数值用于理解和预测活性化合物在生理条件下的体内行为。由于整个胃肠道的pH值环境是非常不同的(从胃的1.4到结肠的8),了解药物铅在生理条件下的亲脂性/亲水性有助于科学家理解在本质上不同的化学环境下的行为。

日志D数值在色谱方法开发中也很重要(用于选择适当的pH值和分离柱;在农业化学领域开发除草剂和杀虫剂;在环境化学中了解污染物的行为,以及许多其他消费产品的开发。